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Comme celles de la zoologie, les origines de la botanique remontent à l'aube de l'humanité, lorsque la connaissance et la cueillette des plantes (en grec : botanon) étaient une question de survie. Après la sédentarisation, ce savoir tendit à se spécialiser dans l'utilisation agricole; celui des plantes sauvages, notamment médicinales, devenant secondaire et limité à une minorité guérisseuse ou sacerdotale. Si les Romains se distinguèrent par leurs progrès agronomiques, on ignore encore comment fut obtenue l'huile essentielle de cèdre qui joua un grand rôle dans la conservation des momies égyptiennes. Quant à Aristote, père de l'esprit scientifique aux yeux de l'Occident, il attribua aux plantes une âme mais laissa à son disciple et successeur Théophraste (vers 372-287 av. J.- C.) le privilège d'être considéré comme le fondateur de la botanique, pour lui avoir consacré trois ouvrages et établi la distinction entre plantes monocotylédones et dicotylédones. Cette science ne mérite cependant son nom qu'après la transmission à l'Europe occidentale, par les Arabes au Moyen Age, de ce passé antique, de l'alambic permettant de distiller les plantes et de la lentille de verre. Alors que celle-ci devenait microscope grâce à Galilée (1564-1642), la botanique s'enrichissait des connaissances juives sur les plantes médicinales; et les expéditions maritimes du XVIe siècle et leur moisson de plantes nouvelles incitaient Césalpin (1519-1603) et Bauhin (1560-1624) à élaborer les premières classifications fondées sur des observations minutieuses, le premier mettant en évidence la sexualité des fleurs. Ces travaux de classification furent repris par de nombreux savants, dont le Suédois Linné (), mais son classement fondé sur le nombre d'étamines des fleurs s'avéra trop compliqué et seul fut conservé son système de nomination des espèces. La notion de famille, introduite par Magnol (1638-1715); puis les travaux des frères Jussieu (principalement Antoine), conduisirent à une méthode plus naturelle, fondée sur l'ensemble des caractères morphologiques de la plante plutôt que seulement sur la fleur. Les efforts de cette systématique végétale se poursuivirent au XIXe siècle (de Candolle, Brongniart, Bentham) et continuent aujourd'hui, où l'on compte plusieurs millions d'espèces végétales.
Le microscope donna à la botanique le même élan nouveau qu'à nombre d'autres sciences, en permettant d'étudier de quoi plutôt que comment une plante est faite. Après van Leuwenhoek, Grew (1628-1711) et Malpighi, fondateurs de l'anatomie végétale, relevèrent l'existence de vésicules arrondies et de fibres allongées constituant le tissu végétal, et la présence d'un réseau de canaux creux à l'intérieur de celui-ci. Von Haller découvrit la circulation de la sève (1727) et Ingen-Housz le dégagement d'oxygène (1779), Les différences dans la structure interne des tiges permirent d'affiner les classifications, mais ce furent les vésicules, appelées utricules par Malpighi, qui retinrent l'attention de Hooke, de Mirbel puis de Brown qui, les nommant cellules, fondèrent la cytologie, par laquelle la botanique allait se fondre dans la biologie... et certaines "plantes" devenir bien peu végétales (champignons, lichens, algues, bactéries).
Lorsqu'elle donna naissance à la génétique, avec les travaux sur l'hybridation de Koelreuter (1733-1806) et surtout de Mendel (1822-1884), il devint difficile de définir spécifiquement la botanique. Tandis que la systématique végétale continuait l'investigation méthodique des ressources lointaines de la planète, qui se poursuit aujourd'hui avec celle de la canopée; l'anatomie se divisait en plusieurs branches (histologie, étude des tissus; cytologie, génétique, étude et manipulation des cellules). Si l'explosion scientifique du XXe siècle a permis d'éclaircir le phénomène de la photosynthèse (Timiraziev, Emerson, Calvin), ou l'action des substances de croissance (Went), elle a aussi provoqué l'apparition de multiples spécialisations. Chacune envisageant les êtres végétaux sous un angle très particulier, le terme de botanique, revenu à son sens premier de "connaissance des plantes", englobe aujourd'hui le champ très vaste des disciplines portant leur intérêt sur le règne végétal. Fidèle à la philosophie de ses origines, elle est devenue un élément majeur de l'écologie, étude des équilibres naturels dont les travaux prouvent combien ce règne est une facteur intégrant, nécessaire et fragile de la vie sur la Terre. 


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