Les champignons constituent un groupe immense, riche de plus de 100 000 espèces, d'organismes vivants considérés comme végétaux bien que n'ayant ni fleurs ni feuilles. Outre le fait que certains champignons peuvent se mouvoir et d'autres se développer sur des animaux, d'autres caractéristiques, notamment génétiques, font douter de leur appartenance au règne végétal et conduisent certains mycologues, tel le Français Marcel Locquin, à leur attribuer un règne spécifique. Si l'absence de chlorophylle les rend obligatoirement soit parasites soit saprophytes (c'est-à-dire vivant de débris organiques), leur classification se heurte à l'hétérogénéité de leur nature, de leurs formes et de leur modes de reproduction. Elle repose sur des critères de convergence plus que sur des liens de parenté. 
Bien qu'elle ne conduise à aucune classification, il convient de faire la distinction entre ce groupe tout entier et le mot de champignon, dérivé du bas-latin campinio (qui vit dans les champs). Ce dernier désigne souvent la fructification apparente et parfois vénéneuse (le carpophore), d'un organisme plus vaste appelé mycélium. Le mycélium forme un réseau souterrain de filaments blancs, très fins et vivant à l'intérieur de la plante dans le cas des champignons parasite des végétaux. Il est constitué d'hyphes, files de cellules provenant de la germination des spores et contenant un seul noyau, ou de cellules dites dicaryotiques, issues d'une division cellulaire compliquée et incomplète. La mycologie classe donc les champignons selon leur mode de reproduction cellulaire plutôt qu'en fonction de leur apparence. L'emploi prudent du critère de comestibilité ne se justifie qu'à un niveau de description très détaillé des champignons supérieurs. 
Avec 15 000 espèces, la sous-classe des basidiomycètes comprend la plupart de ceux-ci mais aussi des levures (charbon, rouille du blé). Elle se caractérise par une production de spores par bourgeonnement de la cellule mère. Chez les champignons supérieurs, les spores sont placées par groupes de quatre sur des pédoncules appelés basides. Les basides, terminaisons ultimes des hyphes du mycénium, forment avec les tissus qui les entourent l'hyménium, situé sur la face inférieure d'un chapeau dont la forme caractéristique est généralement reliée au mycénium par un pied, absent chez la plupart des parasites des arbres. L'hyménium peut être disposé en lamelles (amanites, lépiotes, pleurotes); en tubes (bolets, cèpes); en aiguillons (pied-de-mouton, hydne). Mais d'autres champignons supérieurs, la morille par exemple, appartiennent à la sous-classe des ascomycètes, où les spores se forment à l'intérieur même de la cellule de l'hyménium, ici très allongée, et sont groupées par 4 ou 8 dans des sacs, les asques (de askos : outre). Outre la truffe, cette sous-classe compte de nombreux champignons, souvent parasites : moisissure verte, oïdium blanc, ergot de seigle, etc. Les autres champignons appartiennent aux différentes sous-classes des siphomycètes. Leurs cellules ne sont pas séparées et ils se reproduisent par conjugaison (zygomycètes : mildiou, moisissure saprophyte), par émission de gamètes flagellés (phycomycètes, souvent aquatiques), ou par des moyens encore plus mystérieux (myxomycètes, tricomycètes).